Il manuale di gestione di cui all'art. 5 del DPCM 3 dicembre 2013 "Regole tecniche per il protocollo informatico ai sensi degli articoli 40-bis, 41, 47, 57-bis e 71 del Codice dell'amministrazione digitale di cui al decreto legislativo n. 82 del 2005" descrive il sistema di gestione e di conservazione dei documenti e fornisce le istruzioni per il corretto funzionamento del servizio per la tenuta del protocollo informatico, della gestione dei flussi documentali e degli archivi. Il protocollo informatico realizza le condizioni operative per gestire il flusso informativo e documentale anche ai fini dello snellimento delle procedure e di una maggiore trasparenza dell'azione amministrativa.